Každá forma uplatňovania daňových výdavkov má svoje výhody a nevýhody.

Výhodami jednoduchého účtovníctva sú :

výška daňových výdavkov nie je limitovaná hornou hranicou (môžu byť vyššie ako 40% zo zdaniteľných príjmov, môžu byť dokonca vyššie ako zdaniteľné príjmy),
rýchle zistenie základu dane z príjmov,
v porovnaní s podvojným účtovníctvom sa zdaní až príjem a nie výnos,
menšia administratívna náročnosť v porovnaní s podvojným účtovníctvom,
v prípade daňovníkov s príjmami z prenájmu a s príjmami z použitia diela a umeleckého výkonu nie je povinnosť zostavovať účtovnú závierku, inventarizovať majetok a záväzky a ďalšie povinnosti vyplývajúce zo zákona o účtovníctve.

Nevýhodami jednoduchého účtovníctva sú :

nižšia informačná hodnota v porovnaní s podvojným účtovníctvom - v jednoduchom účtovníctve sú príjmy za výrobky a príjmy za služby zahrnuté v jednej položke PRÍJEM ZA VÝROBKY A SLUŽBY, zatiaľ čo v podvojnom účtovníctve majú predané výrobky účet 601, poskytnuté služby účet 602. Podrobné rozčlenenie na konkrétne analytické účty závisí od informačných potrieb daňovníka,
vyššia administratívna náročnosť v porovnaní s daňovou evidenciou a paušálnymi výdavkami,
možná potreba zamestnať účtovníka alebo objednať účtovné služby u externého účtovníka, účtovnej firmy*,
podriadenosť nielen daňovým zákonom, ale aj zákonu o účtovníctve - možné sankcie za nesplnenie požiadaviek zákona o účtovníctve (okrem daňovníkov s príjmami z prenájmu a s príjmami z použitia diela a umeleckého výkonu),

*Poznámka: Aj pri paušálnych výdavkoch a daňovej evidencii odporúčame využiť služby účtovníka alebo účtovnej firmy. Profesionálni účtovníci sa lepšie orientujú v daňových zákonoch. Existuje menšia pravdepodobnosť, že vzniknú chyby v daňovom priznaní v dôsledku opomenutia dôležitého obmedzenia daňových výdavkov alebo v dôsledku nezahrnutia všetkých zdaniteľných príjmov do základu dane z príjmov.